Το Μουσείο Θετικών Επιστημών και Τεχνολογίας «Ηράκλειτος» βρίσκεται στο 1ο Γυμνάσιο Σερρών και εκεί φυλάσσονται παλαιά όργανα φυσικής και χημείας, καθώς και πλούσιο οπτικοακουστικό υλικό. Το Μουσείο στεγάζεται στον ισόγειο χώρο του σχολείου και το έχουν επισκεφθεί χιλιάδες μαθητές, εκπαιδευτικοί αλλά και διακεκριμένοι επιστήμονες τα προηγούμενα χρόνια θαυμάζοντας τα σπάνια και εξαιρετικά εκθέματά του. Από τους επισκέπτες που έχουν υπογράψει στο βιβλίο επισκεπτών είναι 0 Σιμόπουλος Διονύσιος, Διευθυντής Πλανηταρίου Ευγενίδειου Ιδρύματος, ο Αυγολούπης Σταύρος, Καθηγητής Αστρονομίας του ΑΠΘ, ο Γεώργιος Βλαχάκης Επικ. καθηγητής ΕΑΠ, ο Μουσάς Ξενοφών, Καθηγητής Αστρονομίας ΕΚΠΑ, η Κουρκουμέλη Χριστίνα, Καθηγήτρια Φυσικής ΕΚΠΑ. Από το 1926 σύμφωνα με ιστορικές πηγές στο 1ο Γυμνάσιο Σερρών με πρωτοβουλία του αείμνηστου Γυμνασιάρχη Δημ.Μισυρλή εφαρμόστηκαν πρωτοποριακές εκπαιδευτικές μέθοδοι και εμπλουτίστηκε η διδασκαλία των φυσικών επιστημών με εποπτικά μέσα, ηλεκτρικούς προβολείς και όργανα φυσικής και χημείας που είχαν παραγγελθεί στη Γερμανία και αξιοποιούσε ο “άοκνος καθηγητής φυσικών κ.Δ.Νικολάου, εις εκ των διακεκριμένων και σπανίων επιστημόνων της Ελλάδος”.
Στα νεώτερα χρόνια το 2007 ξεκίνησαν οι ενέργειες για την αξιοποίηση των επιστημονικών οργάνων από τον καθηγητή Φυσικών Επιστημών Μπεκιαρίδη Γεώργιο, ο οποίος ήταν τότε υπεύθυνος του ΕΚΦΕ Σερρών. Ο κ. Μπεκιαρίδης σε συνεργασία με τον επίσης καθηγητή Φυσικών Επιστημών και Πληροφορικής κ. Κατή Ασημάκη, συγκέντρωσαν το υλικό, συναρμολόγησαν, αναπαλαίωσαν, συντήρησαν, ανέδειξαν, τακτοποίησαν σχεδόν το σύνολο των οργάνων που εκτίθεται σήμερα στο μουσείο, μέσα σε φωτιζόμενες προθήκες, σε ειδικά διαμορφωμένη αίθουσα στο ισόγειο του σχολείου. Τα τελευταία 10 χρόνια άοκνος επιμελητής του Μουσείου είναι ο εκπαιδευτικός Σωτήρης Μανδηλιώτης, υπεύθυνος ΕΚΦΕ Σερρών.
Λόγω των μέτρων ασφάλειας της δημόσιας υγείας δυστυχώς φέτος είναι επισκέψιμο μόνο από τους μαθητές και τις μαθήτριες του σχολείου μας.